更受質疑的是環保署署長的官階變動。2007年5月3日，獲得連任的行政長官曾蔭權公布重組政府架構方案，并于7月1日起正式運作。作為本次重組中的一個細節，環境局常任秘書長兼任環保署署長。政府向立法會解說，因改組后的環境局兼管能源事務，故有必要將署長一職的官階調升。

有立法會議員質疑，環境局常任秘書長兼任環境保護署署長，改變了過往專業職系員工擔任部門首長的狀況，令該位置只會由政務官出任。

立法會議員余若薇對本報直言：“過去環評報告是給專業人士看的，署長作為專業把關人看環評報告并最終決定是否發許可證，這是合理的。2007年環保署署長職位升級后，變成政務官掌位。政務官受政治風險影響大，都是為政府決策說話?！薄叭绻h評不能通過，大橋的建設就要延遲。署長能擔當得起嗎？”余若薇質疑。

黃鶴鳴表示，工程的倡議人可以是開發商也可以是政府。當政府作為倡議人的時候，由政府機構做環評意見及審批，政府難免于“既任球員又當裁判”的嫌疑。

影響未了

該案的判決為環評樹立了一個新原則，對香港未上馬工程有重要影響。

其中一例即是引起巨大爭議的焚化爐選址問題。

香港政府擬于屯門曾嘴建設焚燒發電廠，后因屯門居民強烈反對而增加離島石鼓洲選址。今年2月，環咨會未按慣例選出最佳地址，反而同時通過兩個焚化爐選址環評。該次環評被詬病為“標榜科學專業的環評一次徹底破產”。相關評論指出，石鼓洲有大量江豚出沒，也是白腹海雕的繁殖地，但環評報告卻以白腹海雕“機動性高”、“選址外也有其他相似的生境”等含糊措辭把生態問題帶過。

香港方面也有人擔心港珠澳大橋一案具體將帶來一些負面影響。

屯門區議員陳樹英在得知港珠澳大橋的判決后就擔心，環境評估的是對環境的影響程度，有可能導致這個地方環境越差就越容易通過評估。

她舉例：“比如一個地方本來的空氣質量是A，評估之后是D；而屯門的環境本來就是B，評估之后也是D，那么肯定會選屯門了。那就導致環境越差的地方越來越差?！?

不過，像朱綺華一樣提請司法復核暫時未在屯門的打算當中。陳樹英表示，假如政府決定選址屯門，他們先將爭取在立法會上否決政府撥款?！爸С滞烷T反對焚化爐的議員在立法會有多數席位，不太可能通過這個撥款。如果撥款通過了，我們再考慮進行司法復核?！标悩溆⒄f。

離島區議員翁志明也表示，長洲居民大部分人反對于石鼓洲興建焚化爐，但暫未決定會否采取法律行動，因為牽涉龐大訴訟費用。

無論如何，正如一些專業人士所批評的，香港的環評有漏洞，導致一些問題最終要擺上立法會或法庭才能得以解決。

法庭裁決對申訴雙方來說成本都不低。政府在港珠澳大橋擱置問題上有兩條路可走，一是上訴，二是重新做環評。環咨會環評小組前主席吳祖南表示，對工程進度影響最小的是第二種方式，預料2至3個月可以完成，隨即便可向環保署申請許可證。若過程順利，最快可于半年內過關。

對于市民來說，申請申訴的風險也很大，陳樹英表示，即使申請法律援助也免不了經濟花費，她本人申請過一次，花了7萬港元。