國土資源部總規劃師胡存智介紹稱，整個清查工作將分三個階段進行，分別為各個地方的自查清理階段（2月28日至3月31日），檢查糾正階段（4月1日至4月30日），以及抽查總結階段（5月1日至5月30日）。

國土資源部會同有關部門組成檢查組，在各地自查自糾的基礎上進行抽查。對自查清理和糾正整改工作不力的，督促限期整改。而在限期整改期間暫停下達掛鉤周轉指標，暫停土地征收和農轉用審批。

據了解，此次清查的范圍將包括2006年以來各地開展增減掛鉤試點和農村土地整治工作，以及以各種名義擅自開展建設用地置換等情況。為完成這項工作，國土資源部以成立清理檢查工作辦公室，胡存智將牽頭辦公室的工作。

國土資源部規劃司司長董祚繼向記者表示，從2006年起，國土資源部一共向地方下發了四批共計73萬畝增減掛鉤指標，總量比較小，對全局影響也有限，從目前掌握的情況來看，部屬的試點地區運轉整體良好，但也出現了一些不規范的問題。

而出問題比較多的地方，則存在于各地擅自開展建設用地置換，其規模沒有納入管理，其操作方式也存在諸多問題。而這部分將是此次清查工作的重點。對于各地擅自開展的置換項目的總量，董祚繼表示要在第一階段結束之后才能大體掌握情況。