環境保護部：收入731.50萬元未納入預算管理

2009年，環境保護部牽頭主辦在華召開的兩次國際會議時，會議收入731.50萬元由承擔會議業務的公司核算，未納入預算管理，收支結余共計656.4萬元也未按規定及時上繳財政。

交通運輸部：欠繳港口建設費12.85億元

截至2009年底，18家港口建設費代征代管單位已收取的港口建設費有12.85億元未上繳交通運輸部。

南水北調辦：提前申報財政專項預算580萬元

南水北調辦在編報2007年度和2009年度部門預算時，就分別以新辦公樓辦公設備購置、裝飾的名義申報，并經財政部批復專項預算共計580萬元，2009年底結余491.19萬元。

商務部：本級收入5113.79萬元未按規定核算管理

截至2009年底，商務部將收取的房屋拆遷補償款1363.34萬元和委托代收代管的部分結轉工程款、供暖費等3750.45萬元，分別存放在所屬機關服務局及該局下屬鑫揚物業管理發展有限公司使用，未按規定納入本級賬戶核算管理。

審計署：7593.27萬元結轉資金未列入預算

2009年，審計署共動用上年財政撥款結轉資金7663.27萬元，用于金審工程等項目跨年度執行所發生的支出。其中，由于金審工程等項目預算2008年追加較晚，以及部分項目預算因延期支付等在2008年未能如期執行，有7593.27萬元結轉資金未列入2009年年初部門預算。

食品藥物監督管理局：擴大范圍支出2166.96萬元

2009年，食品藥品監管局在5個項目經費中列支685.62萬元，用于支付機關辦公樓物業費和職工餐費等；所屬藥品審評中心、醫療器械技術審評中心和國家藥典委員會等3個單位在4個項目經費中列支1481.34萬元，用于人員工資、津貼補貼和獎金等支出。

宋慶齡基金會固定資產1923.82萬元未納入法定賬簿內核算

宋慶齡基金會2003年支出1879.41萬元購買的機關辦公用房，所屬宋慶齡故居管理中心2003年支出25.33萬元購置的一部車輛、2009年支出19.08萬元購置的廚房設備和空調等固定資產，均未納入法定賬簿內核算。

衛生部擴大范圍支出181.77萬元

2009年，所屬中國醫學科學院基礎醫學研究所從科研項目經費中列支181.77萬元，用于研究生生活補貼支出。

文化部擴大范圍支出1578.76萬元

在全國非物質文化遺產保護工程項目中安排補助地方支出310萬元。所屬民族民間文藝發展中心在戲曲資源、民間文學數字化等項目中列支75.05萬元，用于其他項目；中國藝術研究院在基本科研業務費項目中列支日常公用支出332.62萬元，在中國與世界當代藝術對話研展系列工程項目中列支公用支出365.09萬元。

文物局擴大范圍支出1665.01萬元

2009年，文物局列支給所屬文物出版社撥款100萬元、補助地方支出120萬元和其他項目支出1074.39萬元；所屬中國文化遺產研究院和中國文物報社分別將項目資金285.62萬元和85萬元用作公用經費支出。

郵政局接受虛假發票報賬139.30萬元

2007年12月至2010年2月，郵政局及所屬北京國郵科訊科技發展有限公司，接受北京九智管理咨詢有限公司開具的7張發票并據以入賬。經鑒定，上述發票為虛假發票，涉及金額139.30萬元，其中2009年70.30萬元。