教育部120億預算未細化到具體項目

教育部2009年部門預算中，研究生培養機制改革等6個項目的支出共120億元年初未細化到具體項目。2009年9月至11月，教育部才逐步細化項目，并報經財政部批復后下達到執行單位。

科技部19.8億元項目預算未進行細化

科技部歸口管理的國家高技術研究發展計劃項目2009年預算中，有198 417.5萬元年初未細化到具體單位和項目，影響當年資金使用和預算執行進度。

工信部以撥代支項目資金2.54億元

2009年，工業和信息化部在將“車輛企業及產品準入管理”等85個項目協議委托相關單位承擔時，未按進度付款，而是將項目經費共計2.54億元一次性支付給承擔單位，并在會計記賬時直接計作支出。

公安部接受不符規定的發票報銷工程款1877.49萬元

2006年和2009年，公安部兩次收到“豐臺住宅樓”項目負責人提供的開票單位與發票領購單位不符的發票，并據此報銷工程結算款1804.49萬元；2009年，公安部收到“應急儲備物資倉庫中央直屬總庫室外土石方工程”項目負責人提供的開票單位與發票領購單位不符的發票1張，并據此報銷工程結算款73萬元。

財政部6522.78萬預算申報不規范

財政部2009年部門項目支出預算中，有11個項目無申報文本，涉及金額2947.20萬元；追加的投資評審中心業務費、治理“小金庫”專項等6個項目預算共計3575.58萬元，未履行相應申報程序和填寫項目申報書、預算明細表、可行性報告等資料。

人力資源社會保障部違規票據報賬1915.26萬元

2006年至2009年，人力資源社會保障部作為報賬憑證的發票中，有不合規定的發票11張，報賬金額合計258.31萬元，其中2009年156.29萬元；開票單位與實際收款單位不一致的發票報賬金額合計1493.82萬元，其中2009年195.85萬元。

測繪局3.5億元年中追加預算未批復
2007年和2009年，財政部年中追加測繪局的測繪生產性項目預算分別為1億元和2.5億元，但該局未批復到具體項目單位，造成相關單位項目執行無預算。

光明日報社少計收入4563.38萬元

2007年和2009年，光明日報社收到財政部撥付的政策性補貼中，有4400萬元計作“資本公積”、“專項應付款”等，造成少計財政補貼收入，其中2009年少計3200萬元。

三峽辦所屬單位收入4024.94萬元未納入部門預算

在三峽辦2009年度部門預算中，未包括所屬機關服務中心等4個自收自支事業單位的收支情況。這4個單位當年收入4024.94萬元、支出3367.98萬元。

國資委少計收入336.13萬元

截至2009年底，國資委仍將原國家經貿委2000年至2002年取得的各類專項款111.13萬元、2007年和2008年取得的項目管理費225萬元（其中項目管理費已支出92萬元），均在“暫存款”科目記賬，由此造成少計收入336.13萬元、支出92萬元。