2006年6月30日 國務院第141次常務會議決定成立由國家發展改革委和衛生部牽頭，財政部、原人事部等部門參加的深化醫藥衛生體制改革部際協調工作小組。主要任務研究提出深化醫藥衛生體制改革的總體思路和政策措施，標志新一輪醫改研究制定工作正式啟動。

2006年8月17日 工作小組召開第一次會議。明確了第一階段工作，分為管理和運行機制、衛生投入機制、醫療保障體制和藥品市場監管四個專題研究組。

2006年9月26日 工作小組在國家發展改革委官方網站主頁上開通“我為醫改建言獻策”欄目，并公布了熱線電話，聽取社會各界的意見和建議。

2007年3月23日 工作小組委托世界銀行、世界衛生組織、國務院發展研究中心、北京大學、復旦大學、麥肯錫（中國）公司和北京師范大學等七家國內外機構開展“中國醫藥衛生體制改革總體思路和框架設計”的獨立平行研究。

2007年9月28日 工作小組辦公室召開會議，討論修改《關于深化醫藥衛生體制改革的總體方案（征求意見稿）》。

2008年1月14日、15日  國務院原副總理吳儀兩次主持座談會，分別聽取全國人大教科文衛委員會和全國政協教科文衛體委員會部分委員對工作小組關于深化醫藥衛生體制改革指導意見的建議意見。

2008年2月29日 國務院常務會議聽取工作小組關于醫改方案的匯報，根據與會國務院領導的意見，對醫改方案進行進一步修改，形成了《關于深化醫藥衛生體制改革的意見（征求意見稿）》。

2008年4月11日和15日 溫家寶總理在中南海兩次主持召開醫改工作座談會，就醫改征求意見稿聽取醫務工作者、專家學者、藥品生產和流通企業負責人、教師、城鎮居民、農民、農民工等群眾代表的意見和建議。

2008年9月10日 溫家寶總理主持召開國務院常務會議審議并原則通過了《關于深化醫藥衛生體制改革的意見（征求意見稿）》，并決定公開向社會征求意見。

2008年10月14日 發改委公布《關于深化醫藥衛生體制改革的意見（征求意見稿）》，新一輪醫改大方向逐漸明朗。

2009年1月21日  國務院常務會議再次審議并原則通過了《關于深化醫藥衛生體制改革的意見》和《2009－2011年深化醫藥衛生體制改革實施方案》。

2009年4月6日 國務院正式公布《中共中央國務院關于深化醫藥衛生體制改革的意見》。