從1987年9月首家券商成立至今，中國證券公司已有21年歷史?；厥?1年風雨，始于2003年的券商綜合治理所帶來的震蕩，無疑最令人觸目驚心。

整飭風暴啟動

在上一輪熊市中，券商各種違規行徑在市場熱情退卻中逐漸顯露。為了維護證券市場的安全及穩定，證監會對券商行業進行了長期的整頓和改革。
2002年8月，鞍山證券首開先河，被民族證券托管。
一年后，2003年8月，證監會召開“證券公司規范發展座談會”，對券商提出嚴禁挪用客戶交易結算資金、嚴禁挪用客戶委托管理的資產、嚴禁挪用客戶托管的債券“三大鐵律”，這一座談會被業界譽為“歷史里程碑”，由此拉開了券商綜合治理大幕。
在當年11月及12月，佳木斯證券、新華證券兩家券商被撤銷。
12月，證監會發布修訂后的《證券公司內部控制指引》，對券商內控提出進一步要求。12月28日，證監會進一步公布《證券發行上市保薦制度暫行辦法》，決定從2004年2月1日起施行保薦人制度，券商開始真正關注企業質量，這給券商的投行業務帶來了深遠影響。
從2004年8月起，證監會制定了創新類和規范類券商的評審標準，實行證券公司分類監管。10月，證監會給各派出機構下發《關于進一步加強證券公司客戶交易結算資金監管的通知》，對券商提出不得擴大自營業務規模等六項要求，這些要求猶如對券商下了緊箍咒。
2004年前后，證券公司長期積累的風險集中爆發。當年，南方證券被行政接管，而德恒證券、恒信證券、中富證券、漢唐證券及閩發證券因嚴重違規被托管。
全面整頓鋪開

2005年9月，國務院發布《證券公司綜合治理工作方案》，對證券行業進行全面清理整頓。同時，投資者保護基金開業。
同年10月，首批規范類券商名單公布，新修訂的證券法獲高票通過。11月，證監會轉發中國證券業協會制定的《證券公司證券自營業務指引》，嚴令整頓券商自營業務。
在這一年，多家券商進入處置程序，它們分別是亞洲證券、北方證券、武漢證券、甘肅證券、天勤證券、西北證券、興安證券、大鵬證券、五洲證券、民安證券、昆侖證券、廣東證券、華夏證券。
2006年10月，券商整改“大限”來臨，證監會對一系列未按期上報整改計劃和未按計劃整改及違規的券商出臺限制業務的監管措施。11月1日開始實施的《證券公司風險控制指標管理辦法》，成為整治后“常規監管期”的監管指針。同時公布的還有“證券公司凈資本計算表”。10月，創新類、規范類券商評審門檻降低。
2006年，河北證券、新疆證券、天一證券、中富證券、中關村證券、科技證券、天同證券、健橋證券、第一證券、巨田證券、大通證券等進入處置程序，大通證券成為綜合治理中首例、亦是唯一一例遭遇破產處置的券商。
2007年5月，證監會首度撤銷券商部分業務許可。6月，國債回購新老交替完成，國債回購制度改革成功。7月，證監會下發《證券公司分類監管工作指引（試行）》，券商分類監管演進為5類11級。2007年8月末，證券公司綜合治理工作收官。
2008年，證監會發布《證券公司業務范圍審批暫行規定》，對券商經紀、投行及創新業務審批放寬，并首次對證券公司申請融資融券業務訂立相關規定，該規定將于12月1日起施行。